首先，从整体流程上看，并购基金的运作大致可分为“选项目-谈交易-做决策”三个阶段。 其次，从各个阶段的具体操作层面上看，又各有不同的侧重和技巧。
一、选择投资项目 对于一个基金管理者来说，其最重要的职责之一就是确保所管理基金的资金使用效率，因此他们在进行项目的抉择上往往更为谨慎。 他们通常会在全面分析市场趋势与投资风险的基础上对拟投资的板块或行业进行预判，并以此为基础在相应的项目库中进行筛选，最后确定拟投资的标的。
二、洽谈交易事项 在确定了目标企业后，基金管理人便会启动后续的尽职调查等工作，并通过各种渠道了解潜在的交易对手，开始正式的谈判工作。
三、提交决策报告 最后，基金管理人将会把关于该笔交易的详细报告递交给董事会和/或股东会审议，并在取得审批情况后签订相关合同文件。
乔为优质答主并购基金通常以控股的方式进行投资，通过一系列的整合手段使企业完善后，再以并购的方式高价出售。所以，退出通道就集中在IPO退出和回购退出上，IPO退出是最佳选择，回报率和溢价均十分可观。而并购类项目一般规模较大，如果遇到市场环境不好而IPO无法实现时，回购退出也是不错的选择。尤其是对于一些高科技产业项目的整合，通常在三到五年即可完成，回购方一般由战略投资者出面。所以，并购基金的退出周期一般在三至五年。
另外，有三种退出策略特别值得关注，分别为反向收购，二次出售和公开市场出售。
所谓反向收购，指的是标的公司以并购基金控制方为目标公司进行反向收购。如新南洋于2010年6月以9800万元收购昂立科技100%股份，昂立科技在新南洋收购过程中持有上海昂立科技教育信息咨询有限公司、昂立电子等六家目标公司的股权，构成了收购方同时收购多个公司的反向收购交易。该交易的背景是交大昂立2004年将其教育业务从上市公司分拆下来，并引入弘毅投资作为其战略投资者，五年之后通过反向收购再实现退出。
二次出售，指的是标的公司被并购基金控制方收购后，再将标的公司卖给一个更大型的公司，从而实现项目的二次出售，其优点在于通常可以比首次交易获得更高的溢价，对并购基金投资者的回报更高。在弘毅投资参与的投资案中，首旅股份重组浩华国际就是一个比较显著的例子，2007年首旅集团和弘毅投资以1985万欧元收购了浩华的100%股权，于2009年6月将浩华公司整体注入首旅股份，并在2010年将浩华19.5%的股权出售给美国世邦魏理仕公司。
最后一种是公开市场退出。
