首先，根据税收法定原则，企业所得税没有所谓的减免税优惠。不存在企业多交所得税可以用于抵扣的说法。 其次，对于亏损的企业而言，在计算应纳税所得额时，可以弥补以前年度的亏损；对于盈利的企业来说，也没有多交一说（除非企业存在故意做低的情况），企业的经营成果直接以纳税调整后的所得额作为依据进行计税。因此也就不存在用已交的所得税来冲抵的问题了。
如果企业多交了应交税款，可以通过申请退税或以后期间抵扣的方式冲回多交的税款。 但这里需要注意一点：如果税务机关发现企业多缴了税款，但并未主动退还的情况下，企业是不能直接要求税务机关将多缴纳的税款退还或者抵扣的。因为法律并没有赋予纳税人直接抵扣权。 所以题主提到的“多交的企业所得税用来抵顶未开票收入”是不存在的，既没有法律法规支持，也是不合理的。
施蔼宾优质答主《财政部国家税务总局关于企业境外所得税收抵免有关问题的通知》（财税[2009]125号，以下简称125号文件）规定：“企业应按照企业所得税法及其实施条例的有关规定计算境内外应纳税所得额，并按照企业所得税法第三条第二款规定将其分国（地区）计算境外所得应纳税额，上述扣除的限额为按中国境内、境外所得依照企业所得税法及实施条例的规定计算的应纳税额”，“企业按照企业所得税法第二十三条及实施条例第一百一十九条规定已经缴纳的 EnterpriseIncomeTax，应在《中华人民共和国外企境内投资和外国企业所得税年度申报表》附表四所列本企业实际缴纳外国所得税额中填报，经税务机关审核确认后，可在实际缴纳非居民税收所在国（地区）税额中抵扣”。
根据上述规定，如果企业取得了来源于日本的所得，应按125号文件规定按日本国别分别计算其境外所得抵免限额。在计算日本国别的应纳税所得额时，应包括从日本取得的特许权使用费和其他所得，然后再分别按税率计算出应纳日本税款和应纳中国税款，在相应的限额内进行抵扣。
