1、申请国家自然科学基金，首先要满足申请条件，这个条件就是基金委员会制定的申请资格，包括申请人、学科类别、研究内容等等的限制； 2、满足申请条件后，准备申请材料，这些材料主要分为两大类，一类是申请的书面材料主要包括申请书、申请书摘要（中文）、申请书摘要（英文）、经费分配方案，这类材料要填写齐全并且准确无误；另一类为附加材料主要是研究大纲、研究计划、以往的工作基础和发展方向等材料。
3、在申请材料准备完毕后，向所在地科协推荐，由科协统一报送至全国学会、协会；也可以直接联系有意愿合作的省级、地市级基金组织进行自荐。 值得一提的是，现在大多数的基金机构都实行网上审批制度，因此在申报创新项目的时候要注意所投基金的网站信息，做好提前申报的准备。
谌馨霞优质答主申报创新基金的程序是：科技部每年下发项目申报工作指南，各省、自治区、直辖市、计划单列市科技主管部门、国家高新技术产业开发区管委会以及国务院有关部门、中国人民解放军总装备部、中华全国总工会、国家计划生育委员会等委托管理机构根据工作指南要求，组织本地区或本部门创新基金项目的申请工作，受理申请企业的申报材料，组织专家进行立项评审，并根据评审和实地考察的结果提出创新基金项目年度支持计划建议，报送科技部创新基金管理中心；创新基金管理中心对年度支持计划建议进行汇总、审核后报创新基金管委会审定，再由财政部将创新基金年度预算指标按季度直接拨付到各地区、各部门地方财政国库；资金拨付后，由各地区、各部门科技主管部门和财政主管部门通知项目承担企业，并将应核销的地方财政配套资金及时下达到企业。
为了加强社会监督，提高创新基金使用成效和透明度，创新基金设立与科技部网站（www.most.gov.cn）相连通的信息管理与交流系统，科技部、委托管理机构、项目承担企业等在网络平台上进行项目的申报、审核和评估。
